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研华携手伟萨科技发布一体化DNA基因排序加速解决方案

2019年04月18日 15:05:02 来源:国际工业自动化

全球知名的工业物联网解决方案提供商研华科技近日宣布发布与伟萨科技技术共同创建的DNA基因排序加速解决方案。该解决方案解决了大中华区和北美地区对非侵入性产前检查(NIPT)和癌症和疾病诊断市场日益增长的需求。

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“下一代测序(NGS)”是近年来备受关注的基因技术。通过比较和分析DNA序列,NGS根据人类基因组数据库精确定制治疗方案。NGS通过定位存储与潜在原因相关的信息来帮助医疗人员防止传播和感染,对抗癌症和罕见疾病。然而,产生了一个问题,基因服务提供者面临着越来越大的挑战:处理无休止的基因组数据。这个耗时耗力的过程阻碍了研究和进展。

为了应对这一挑战,研华科技与伟萨科技,一家专长在基因组测序加速的台湾公司,共同开发了一种加速解决方案。通过将研华SKY-7210服务器与伟萨科技的FPGA卡相结合,专为精密医疗行业设计出一种优化和加速数据处理的基因测序一体式服务器。

借助这个高速平台,种系分析管道处理时间最多可缩短25小时,从近33小时缩短到不足8小时,从而大大提高了效率并降低了TCO(总经营成本)。该基因排序加速解决方案现在已经在研究机构、生物库、诊所和医院开始使用,在基因组数据分析方面提供了更大的灵活性,并提升了精确医学的价值。

基因排序加速解决方案

基因排序加速解决方案提供一个无痛的升级过程,使用本地BWA-MEM和GATK处理种系管道的二次分析。使用者可以在不更改工作流的情况下完成对齐、排序、标记复制和变量调用的分析。随着本机快速算法的加速,SNPs和INDELs的整体精度为99.9%,与原始软件相同。此外,加速解决方案提供与原始软件完全相同的输出文件格式。

基因排序加速解决方案为在服务器上部署大数据和深度学习提供了一个平台,该服务器具有3TBDDR4插槽、3xNMC(网络夹层卡)和2x300WGPU或6x150WGPU,以减少从HDD到FPGA的数据移动延迟。连接更灵活,更容易适应未来的扩展。

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